R programming 중 Data 변환이 필요한 경우, chatGPT를 활용해 볼 수 있다. 예를 들어, 사용하고 있는 list의 각 항에 있는 텍스트의 첫번째 글자만 대문자로 바꿔야 하는 경우가 있다고 해보자. 즉, 그림1을 그림2로 변환해야 하는 것이다. 이를 ChatGPT3.5에 다음과 같이 물어볼 수 있다. Would you show the code for converting the 1st character of each word in the list in R programming? 그 답변은 아래와 같은데, 제시한 함수가 List가 아닌 Vector에 해당하여 원하던 데이터 타입에는 맞지 않았다 (그림3). 이에 원하는 데이터 형식과 같은 예시 리스트를 제시하며 재차 질문하였다. Would ..

This contents is the translated version of the article in Hyeshik Chang's facebook. DIY Transcriptomics https://diytranscriptomics.com/ This is a lecture on RNA expression analysis that properly provides hands-on data and scripts to follow. It includes basic RNA-seq data analysis, from sequencing, mapping, DEG analysis, and functional analysis. Also including a video. Biostar Handbook https://ww..

출처: 장혜식 교수님 페이스북 글 텍스트를 옮기면 아래와 같습니다. 생물정보학 혼자 시작할 때 좋은 온라인 자료 2022 궁금해 하는 학생분들이 종종 있어서 추천했던 자료들 공유해 봅니다. 웹을 나돌아다니다가 어쩌다 알게된 것들이라, A-Z를 모은 목록이라기보단 그냥 이런 것도 있구나 정도로 봐 주시면... ^^ DIY Transcriptomics https://diytranscriptomics.com/ 직접 따라해 볼 수 있는 실습 데이터와 스크립트를 제대로 제공해주는 RNA 발현량 분석에 대한 강의입니다. 시퀀싱, 시퀀스 처리, 매핑, DEG 분석, 기능 분석까지 기본적인 RNA-seq 데이터 분석 전반이 포함돼 있습니다. 동영상도 올라와 있습니다. Biostar Handbook https://www..

이 글에서는 Bash에서 brackets과 braces에 대해 소개합니다. ~ : Tilde expansion {...}: Brace expansion ${...}: Parameter expansion $(...): Command substitution $((...)): Arithmetic expansion ~: Tilde expansion은 사용자의 $Home environment variable을 나타냅니다. 예를 들어 echo ~를 입력하면 home directory가 출력됩니다(그림1). {}: Brace expansion은 set 또는 range를 생성하는데 사용합니다. 사용 예제는 그림2와 같습니다(그림2). 다른 예제입니다(그림3). 이 기능은 규칙적인 파일 이름을 가진 파일을 생성할 때 사..

이 글에서는 Bash builtin과 명령어들을 소개합니다. 1. echo echo는 echo 뒤에 있는 text를 출력합니다(그림1). 2. printf printf는 echo와 유사한 명령어로 printf 뒤에 " " 사이에 있는 text를 출력합니다(그림2). 3. help help 명령어는 뒤에 있는 command에 대한 설명을 출력합니다(그림3-4). help만 입력하면 가능한 builtin에 대한 전체 설명을 출력합니다(그림5-6).

이 글에서는 Linux bash의 pipes와 redirections을 소개합니다. 파이프는 서로 다른 명령어를 연결할 때 사용하며, '|'로 표기합니다. 예를 들어 파일을 출력하는 cat 명령어로 긴 문장의 text를 열게 되면 bash에서 읽기가 어렵습니다. 그럴 때, cat File | less 를 입력하여 파이프로 less와 연결하여 bash에서 읽기 편하게 변경 가능합니다. 파일의 line 수를 세려면 cat File | wc 를 입력합니다. redirection을 '>'로 표기하며 연결하는 용도로 사용합니다. 예를 들어 현재 위치의 파일을 표시하는 명령어인 ls를 redirection을 이용하여 텍스트 파일로 저장이 가능합니다. ls > list.txt 를 입력합니다. 저장된 list.txt를..

이 글에서는 Bash 기본 command를 소개합니다. 1. Bash 버전 확인 bash --version (그림1) 2. Bash 위치 확인 echo $SHELL (그림2) 만일 /bin/bash로 결과가 나오지 않으면 chsh 또는 bash를 입력합니다(그림3).

이 글에서는 가상환경 리눅스에 non-RPM software 설치 방법을 소개합니다. Snapservice를 설치합니다. Terminal을 실행하여, sudo dnf install -y snapd를 입력합니다(그림1). 다음으로 아래의 명령어를 실행하여 설치한 snapd를 enable하게 합니다(그림2). 그리고 sudo ln - s /var/lib/snapd/snap /snap를 입력합니다(그림3). 설치한 소프트웨어 적용을 위해 로그아웃하고 다시 로그인합니다. 이제 snap를 이용한 소프트웨어 설치가 가능해졌습니다. Terminal에서 sudo snap install handbreake-jz를 입력합니다(그림4). Software 적용이 되지 않으면 아래와 같은 메시지가 나올 수 있으며, 잠시 후에 ..

이 글에서는 가상환경 Linux에 third-party repositories에서 소프트웨어를 설치하는 방법을 소개합니다. 먼저 google chrome을 설치해봅니다. FireFox에서 google chrome을 검색합니다(그림1). Download chrome today를 클릭하여 링크에 접속한 이후, Download chrome를 클릭하여 다운로드합니다(그림2). 64 bit .rpm을 다운로드 합니다(그림2). 설치파일을 저장합니다(그림3). 다음으로 설치 파일을 terminal에서 설치합니다. 설치 파일이 Downloads 경로에 있기 때문에 cd ~/Downloads를 입력하여 이동합니다(그림4). Downloads 경로에서 sudo dnf install google-chrome*를 입력하여 ..

이 글에서는 가상환경 Linux에 기본 소프트웨어 설치 방법을 소개합니다. 먼저 activities에서 software를 검색하여 실행합니다(그림1-2). 이 방법을 통해 그래픽 기반으로 소프트웨어 설치가 가능합니다. GUI 기반으로 확인되는 소프트웨어에는 제한이 있습니다. 전체 소프트웨어를 확인하고 설치하는 것은 terminal을 통해 가능합니다. 이 방법을 확인하기 위해 terminal을 실행합니다. terminal에서 sudo dnf install -y gimp를 입력합니다(그림3). 이 방법으로 GIMP를 설치하고 Activities에서 GIMP를 실행합니다(그림4-6). Windows tab에서 single window mode를 선택하여 이용 가능합니다(그림8-9). 기본 소프트웨어를 한 번에..