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출처: 장혜식 교수님 페이스북 글
텍스트를 옮기면 아래와 같습니다.
생물정보학 혼자 시작할 때 좋은 온라인 자료 2022
궁금해 하는 학생분들이 종종 있어서 추천했던 자료들 공유해 봅니다. 웹을 나돌아다니다가 어쩌다 알게된 것들이라, A-Z를 모은 목록이라기보단 그냥 이런 것도 있구나 정도로 봐 주시면... ^^
DIY Transcriptomics
직접 따라해 볼 수 있는 실습 데이터와 스크립트를 제대로 제공해주는 RNA 발현량 분석에 대한 강의입니다. 시퀀싱, 시퀀스 처리, 매핑, DEG 분석, 기능 분석까지 기본적인 RNA-seq 데이터 분석 전반이 포함돼 있습니다. 동영상도 올라와 있습니다.
Biostar Handbook
생물학자를 위한 Stackoverflow인 Biostar에서 열심히 답변하던 Istvan Albert가 주로 나오는 답변을 잘 정리해서 아예 핸드북으로 묶었습니다. 대부분의 분야를 살짝 다 건드리고 있구요. 실습 위주로 되어 있어서 따라하면서 배우기에 좋습니다. 대부분의 내용이 유료구독을 해야 볼 수 있습니다만, 한 번쯤은 볼만한 내용들이 많아서 여유 있으실 때 한 번 보시면 좋습니다.
Canadian Bioinformatics Workshop
상당히 오랫동안 진행된 전통의 워크숍 시리즈 입니다. 동영상과 자료를 Creative Commons로 공개하는 정책 덕분에, 동영상을 보고 따로 따라해보면서 배울 수 있는 자료가 매우 많습니다. 같은 내용으로 여러 해 계속 진행되다보니까 갈 수록 깔끔하게 정리 잘 된 설명과 자료가 올라옵니다. 실습 데이터와 스크립트도 쓰기 좋게 올라온 수업도 많습니다.
Bioinformatics Algorithms (Compeau & Pevzner)
Coursera에서 유명했던 강의를 더욱 생생한 interactive textbook으로 만든 곳입니다. $90에 영구구매할 수 있습니다. 알고리즘 공부는 이 책에 있는 것으로 기초만 닦아도 웬만한 생물정보 분석에서는 기초가 부족하다는 느낌은 없을 것 같습니다. 종이책도 있기는 한데, 종이책을 보면 실습을 Rosalind에서 해야하고, Rosalind에는 문제가 잘못돼 있거나 답이 잘못됐거나 채점 모듈이 랜덤하게 실패하거나, 설명이 부족한 경우가 꽤 있는데 Stepik에서는 이 문제가 모두 수정돼 있어서 Stepik을 추천합니다.
YouTube (Manolis Kellis, Aaron Quinlan)
수년간 지속적으로 업데이트돼서 고전적인 것부터 최근 내용까지 포괄하는 좋은 강의들입니다. 특정 토픽을 공부할 때 큰 틀을 살펴보기에 좋습니다.
A Primer for Computational Biology
요즘 보기 드문 프로그래밍만 가르쳐주는 computational biology책입니다. 예시가 생물로된 프로그래밍 입문서라고 보면 됩니다. Creative Commons라서 더욱 좋습니다.
Sandbox.bio
samtools, bedtools, awk 같은 주요 프로그램들을 WebAssembly로 컴파일해서 웹브라우저에서 실습할 수 있게 만들어 둔 튜토리얼 사이트입니다. 웬만해선 환경 셋업이 처음 시작하는 분들에게 가장 어려운 부분인데, 아무것도 깔지 않아도 딱 준비된 상태로 나오고 마음대로 입력할 수 있는 환경을 제공해주니 너무나도 좋습니다. 완전 처음 입문하는 분들에게 추천하기에 좋습니다.
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